Otoimmün hastalıklarda bağışıklık sisteminin kendi dokularına karşı geliştirdiği reaksiyonlar söz konusudur.
Fonksiyonel tıp yaklaşımında bu hastalıkların yönetiminde bağışıklık sisteminin dengelenmesine yönelik beslenme düzenlemeleri, bağırsak mikrobiyotasının desteklenmesi ve inflamasyonun azaltılması hedeflenir.